Arrêts de travail : indemnités, durée maximale, contrôles… le guide complet pour connaître vos droits

Les contrôles d'arrêts maladie n'ont jamais été aussi nombreux. Face à l'augmentation des dépenses liées aux indemnités journalières et à la volonté des pouvoirs publics de lutter contre la fraude, l'Assurance maladie a renforcé ses dispositifs de vérification. Les récentes évolutions réglementaires, comme la baisse du plafond de calcul des indemnités ou l'encadrement renforcé des contre-visites patronales, témoignent de cette volonté.

D'autant que cette vigilance accrue s'accompagne d'une méconnaissance persistante des règles applicables. « Mon expérience est que non, et c'est souvent la source du litige. Beaucoup ignorent les heures de présence obligatoires, l'obligation de déclarer une activité secondaire, ou encore le délai de recours de deux mois », observe Maître Johan Zenou, avocat au barreau de Paris spécialisé en droit du travail et en contentieux de la sécurité sociale.

Arrêts maladie : pourquoi les contrôles se multiplient

Le sujet est devenu particulièrement sensible pour les finances publiques. Les dépenses liées aux arrêts de travail continuent de progresser. Selon la Drees, les indemnités journalières versées par les régimes de base de la Sécurité sociale ont atteint 21,3 milliards d'euros en 2024, soit une hausse de 6,2 % en un an. Un niveau record qui explique en partie le renforcement des contrôles menés par l'Assurance maladie.

En 2025, l'Assurance maladie a ainsi détecté et stoppé 723 millions d'euros de fraudes, soit une hausse de 15 % par rapport à l'année précédente. Parmi elles, les fraudes liées aux arrêts de travail ont représenté 49 millions d'euros, contre 42 millions en 2024. Plus de 9 700 dossiers ont été identifiés et près de 6 500 pénalités financières ont été prononcées. L'avocat invite toutefois à relativiser ces chiffres. « La visibilité médiatique du sujet dépasse largement son poids financier réel », rappelle-t-il. Les fraudes liées aux arrêts maladie ne représentent qu'une part limitée de l'ensemble des fraudes détectées par l'Assurance maladie.

Combien toucherez-vous pendant votre arrêt de travail ?

Pour un arrêt maladie non professionnel, l'indemnité journalière correspond à 50 % du salaire journalier de base, lui-même calculé à partir de la moyenne des trois derniers salaires bruts. Une réforme importante est intervenue récemment. « C'est là que se situe la réforme majeure : depuis le 1er avril 2025, ce plafond est passé de 1,8 à 1,4 fois le SMIC mensuel », explique Maître Zenou.

Pour les arrêts débutant à compter du 1er février 2026, l'indemnité journalière brute maximale versée par la Sécurité sociale atteindra 41,95 euros par jour. Un délai de carence de trois jours continue de s'appliquer avant le début du versement des indemnités. Selon les conventions collectives et l'ancienneté du salarié, un complément de salaire peut également être versé par l'employeur. En revanche, les accidents du travail et les maladies professionnelles bénéficient d'un régime d'indemnisation distinct, généralement plus favorable.

Quelle est la durée maximale d'indemnisation ?

La durée de prise en charge dépend de la nature de la maladie et de sa gravité. Pour une maladie classique, un salarié ne peut pas percevoir plus de 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. En cas d'affection de longue durée (ALD) reconnue, l'indemnisation peut être maintenue jusqu'à trois ans. « L'arrêt long, au-delà de six mois, déclenche un examen renforcé du service médical et bascule dans la logique de l'affection de longue durée puis, en fin de droits, vers l'invalidité », précise l'avocat. Lorsque les droits sont épuisés, une pension d'invalidité peut prendre le relais si l'état de santé du salarié le justifie.

Qui peut vous contrôler et dans quelles conditions ?

Pendant un arrêt maladie, le salarié peut faire l'objet de plusieurs types de contrôles. Le premier est réalisé par le médecin-conseil de l'Assurance maladie, qui vérifie le bien-fondé médical de l'arrêt et sa durée. Le second est un contrôle administratif destiné à s'assurer du respect des obligations du salarié. « Le contrôle médical, conduit par le médecin-conseil, apprécie le bien-fondé et la durée de l'arrêt. S'y ajoute le contrôle administratif du respect des obligations de l'assuré », explique Maître Zenou.

Le salarié doit notamment respecter des horaires de présence à son domicile, généralement de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures, sauf si son arrêt mentionne des sorties libres. Il lui est également interdit de quitter son département sans autorisation préalable de la caisse et d'exercer une activité non autorisée. Depuis décembre 2025, l'Assurance maladie peut également recourir à un télécontrôle par visioconférence sécurisée.

Contre-visite patronale : ce que votre employeur peut réellement faire

Lorsqu'il maintient tout ou partie du salaire pendant l'arrêt maladie, l'employeur peut demander une contre-visite médicale. « La contre-visite est la contrepartie du maintien de salaire », résume Johan Zenou. Cette procédure est désormais encadrée par le décret du 5 juillet 2024. Un médecin mandaté par l'employeur peut se déplacer au domicile du salarié ou le convoquer à son cabinet afin d'évaluer si l'arrêt est justifié. Mais attention : l'avis de ce médecin ne suspend pas automatiquement les indemnités journalières. « C'est la caisse qui décide après examen du rapport transmis par le médecin contrôleur », rappelle l'avocat. En d'autres termes, seul le service médical de l'Assurance maladie peut décider d'une éventuelle suspension des indemnités.

Que risquez-vous en cas de contrôle défavorable ?

Les conséquences peuvent être importantes. Le salarié s'expose à une suspension des indemnités journalières, à la perte du complément de salaire versé par son employeur et, dans certains cas, à une demande de remboursement des sommes déjà perçues. En présence d'une fraude caractérisée, des pénalités financières peuvent être prononcées et des poursuites engagées.

Pour autant, certaines protections demeurent. « Le licenciement ne peut jamais reposer sur le seul résultat d'une contre-visite », souligne Maître Zenou. Le salarié dispose également de voies de recours en cas de désaccord avec la décision de la caisse. « Mon conseil constant : ne jamais laisser passer ces délais et conserver tout justificatif médical », insiste l'avocat. La commission de recours amiable puis le pôle social du tribunal judiciaire peuvent notamment être saisis pour contester une décision défavorable.